故事发生在遥远的2061年，自然的破坏使得地球的环境变得十分恶劣，气温骤降大地冰封，在意大利图斯卡纳，居住着伽利略的后代三姐妹。叶月（真堂圭 配音）个性奔放耿直，大大咧咧的她心怀着成为检察官的梦想。神月（大久保瑠美 配音）个性冷淡沉默寡言，拥有极强运动神经的她其实在内心里十分的需要保护。星月（日高里菜 配音）是个高智商少女，对机械颇为精通，三姐妹中要数她的性格最为温柔可人。　　一次偶然中，三姐妹遭到了陌生人的突然袭击，而袭击者的目标只有一个，那就是得到传说中的“伽利略的遗产”，可是，对于这笔遗产的存在，三姐妹一无所知。为了不让宝贵的遗产落入坏人手中，本性个性迥异而不合的三姐妹决定合作。

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。　　2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。　　在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。

上世纪90年代初，东北某重工业城市。原钢厂工人陈桂林（王千源 饰）在下岗后，独自拉起了一支乐队，终日奔波在婚丧嫁娶、店铺开业的营生之中，生活勉强维持。他的妻子小菊（张申英 饰）离家出走，转投有钱的假药商人怀抱。如今小菊光鲜回归，不仅要与桂林离婚，还要争夺独生女小元的抚养权。桂林慨叹自己失败的命运，于是一心要将女儿培养成钢琴家。为了得到女儿，他四处筹措买钢琴的钱，甚至和女友淑娴（秦海璐 饰）以及当年钢厂的好哥们夜入学校偷钢琴。　　当所有的办法都失败后，桂林偶然翻到一本关于钢琴的俄国文献，于是叫上伙伴们在早已破败的厂房中开始了手工制造钢琴的征途……

一之濑海（齐藤壮马 配音）自幼就非常热爱钢琴这门乐器，是公认的天才钢琴少年。一次偶然中，海在森林里发现了一架废弃的钢琴，只有海能够通过这架钢琴演奏出美妙的音乐。这架特殊的钢琴锻炼了海的演奏技巧，让他获得了和常人比更多的经验。　　阿字野壮介（诹访部顺一 配音）曾经也是一名天才钢琴师，然而，一场意外的车祸让他不得不告别了自己的职业生涯，对过去耿耿于怀的壮介成为了海的叔父，将自己未能完成的期望寄托在了他的身上。雨宫修平（花江夏树 配音）是海宿命般的对手，两人亦敌亦友，互相竞争，齐头并进。

曾经，小林三平（喜多村英梨 配音）和一位少女有着一个浪漫的约定，一晃眼十年过去，虽然两人此刻早已天各一方，但小林从未忘记过这段美好的回忆，并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。　　某个平平无奇的早晨，当小林睁开眼睛时，却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边，机器人名叫可美克（斋藤千和 配音），它此番前来寻找小林，竟然是为了和他结婚。就这样，小林在莫名其妙之中开始了和可美克的同居生活，与此同时，陪伴在小林身边的还有他的青梅竹马牧原泉（高桥美佳子 配音）、电波少女早川美咲（钉宫理惠 配音）和搜查官黑崎凉子（白石凉子 配音）。

年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。　　RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。　　其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。　　然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。　　不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。　　宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

故事描绘了20XX年，突如其来的“通往异世界的门”在东京银座出现，从中涌出来了大量怪物和军队。而陆上自卫队在击退它们的同时，还赶赴了门另一边的“特区”。于是，担任了第叁侦察队指挥的二等陆卫的宅男伊丹耀司，与帮助被巨大炎龙袭击的村民们时，与精灵、魔导师和亚神等异世界的美少女们之间产生了奇妙的交流.

“我不拯救世界，只管杀哥布林。”　　据说这间边境公会里，有个只靠讨伐哥布林就升上银等（位列第三阶）的罕见案例……　　一名女神官成为冒险者后，首次加入团队，就在冒险中陷入了危机。　　而拯救了她的，正是这名人称“哥布林杀手”的男子。　　他不择手段，不辞劳苦，潜心扫荡哥布林。　　女神官被这样的他牵着走，公会的柜台小姐感谢他，儿时玩伴的牧牛妹等候他。　　一名森人（Elf）少女听闻他的事迹，也现身委托任务……