以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——

被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？　　事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。

生长在瓦尔哈那行星的美丽公主瓦尔古雷，为了逃避所谓的政治婚姻，从行星出逃了……　　当她即将在地球降落时，UFO飞船因为失控，冲向了「时乃汤」，压倒了和人……　　为了挽救和人的生命，瓦尔古雷将自己最重要的东西--“灵魂”的一半分给了和人，然而自己因为超能力的减弱，变成了非常可爱的小女孩。在意识模糊之时，和人看到了还没变小的瓦尔古雷，心仪不已。就这样，瓦尔古雷与和人一起住在「时乃汤」。　　好景不长，另一个脾气暴躁的公主海多拉（因为瓦尔古雷的逃婚而被顶替结婚的她，非常嫉恨瓦尔古雷）从行星跑出来寻找瓦尔古雷，也来到了地球。同样，她降落地球时也把秋菜的七弧神社给撞烂了。（也难怪，秋菜后来那么对付她）终于，她发现了瓦尔古雷的行踪，但这时，和人带着瓦尔古雷逃跑了……　　可是最后，他们还是被海多拉找到了。两人被海多拉发出的冲击波击中，倒在地上。关键时刻，和人吻了瓦尔古雷……变身后的瓦尔古雷和海多拉陷入苦战，最后，秋菜出其不意的用符咒封印了海多拉的超能力，把她也变成了8岁的小女孩（蛮可爱的），并罚她在神社乾活，弥补飞船撞坏神社的过失。　　可是，一但秋菜灵力减弱时，海多拉的封印就会消失，不死心的海多拉又会想出什么办法来对付瓦尔古雷呢？