宇宙世紀 0087 年、地球連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と、反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦は続いていた。エゥーゴに身を投じたカミーユは地球降下作戦後、エゥーゴの支援組織「カラバ」のハヤト・コバヤシらと接触。ティターンズの追撃をかわしつつ、再び宇宙へと還る機会をうかがっていた。　　そんな折り補給のために立ち寄ったニューホンコンで、カミーユは、神秘的な少女フォウと運命的な出会いをする。だが、フォウはティターンズの強化人間。禁じられた二人の出会いは、カミーユの心を愛と苦悩に引き裂く。哀しみに満ちた戦いの果て、フォウは決死の覚悟で、カミーユを宇宙へと送り出す。　　宇宙へと戻ったカミーユを待ち受ける激しさを増した戦場と、新型モビルスーツ“Ｚ（ゼータ）ガンダム”だった。非道なコロニー落とし作戦や月面都市への爆弾テロなど、激しさを増すティターンズの戦法。そして大きく変転を始める政治状況。エゥーゴは指導者ブレックス准将を暗殺で失い、一方ティターンズ内部では木星帰りの男シロッコが勢力を拡大しつつあった……。　　そして、ついに動きを見せ始める第三勢力――それは旧ジオン軍の残党、アクシズだった。カミーユの新たな力、Ｚガンダムが、混迷の戦場を切り裂いて飛ぶ！

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

在古老的传说中，长有洁白羽翼的公主被禁锢在房间之中，希冀这外面的世界。某日，一位神秘的少年出现在了公主的面前，成为了公主唯一的朋友。透过少年之口，公主得以知道大千世界里发生的种种。然而，当公主和少年相爱之时，曾经的诅咒应验了。　　神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上课，只能整日待在家中。然而，观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢，因为她相信，自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人（小野大辅 配音）是一位旅行中的人偶师，他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见观铃之时，他发现，也许观铃正是他想要寻找的那个人。