在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。在转移过程中，弓原雏只留下了“迪奥正在等你”的讯息，就随即消失了……

渡濑青叶（松冈祯丞 配音）就读于诚应高校，是一名平凡的高中生。青叶拥有着沉着冷静的性格和强健机敏的体魄，是朋友们眼中可靠的存在。某日，青叶竟然遭到了一架奇异机体的猛烈攻击，就在这个节骨眼上，另一架机体即使出现，拯救了青叶。　　救了青叶的是名叫弓原雏（早见沙织 配音）的少女，表面上看来她不过是青叶的同班同学，可实际上，雏来自于未来，专程为了保护青叶而潜伏在他的身边。一场意外将青叶和雏带往了未来世界，在那里，青叶亦成为了机体驾驶员，并结识了他一生的挚友迪奥（内山昂辉 配音），在这个充满了危机和战斗的世界中，青叶能够生存下来吗？

在前作《创圣大天使》中，故事设定在创圣纪0011年，地球上的人类由于11年前的大异变而失去了三分之二的人口。南极冰层溶化使得被认为1万2千年前已灭亡的“堕天翅族”亚特兰蒂亚复苏，他们将生物机械兵器“神话兽”接连送入人类都市捕获人类的生体能源“Purana”，决心反击的人类从海底遗迹发掘岀三台组合战斗机“Vector Machine”──1万2千年前将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。这部于05年播出的TV动画，在7年后的2012年1月番再次上演新的传说，延续1万2千年前的传说。　　在新的故事中，男主角的名字已经确认为阿马塔，其设定为虽然看上去有些弱气及容易动摇，但一遇上要保护的事物时，就会比其他人更为坚强，这样的阿马塔也已经确认由近期不少作品也找他来当主角的梶裕贵担任，继《罪恶王冠》之后，梶裕贵再次突破天际。已本作的两位女主角也已经确认为是米可罗及洁西卡，两人分别由茅野爱衣及花泽香菜担当，这三人组合在《罪恶王冠》里已经一起主演了，今次《创圣大天使EVOL》将这组合再次搬上，而且花泽香菜配声的洁西卡更是女主角之一，气份当然不会少了。另外，本作的声优还有中村悠一、浪川大辅、铃村健一及中岛爱等，都是一些人气不错的常见声优们。　　继《创圣大天使》的经典同名主题曲《创圣大天使》，这次的《创圣大天使EVOL》再次找来AKINO担任主唱。新主题曲的名字再叫作《君之神话 ~创圣大天使第二章》，负责编曲及作曲的当然仍是菅野洋子，在这次公开的新PV中已经能够率先试听，在本PV中，大家当然还能看到SATELIGHT及河森正治出色的大天使设定，全CGI的制作，其流畅度、设计及战斗都真不是其他制作社能够比拟的，这样的大作大家也没理由不看吧。

某一天，活力少女有原亚由美（伊濑茉莉也 配音）突然遭到了来自大猩猩的告白，而定眼一看才发现，站在眼前的，是长相粗犷的高中男生财津操（乃村健次 配音）。令亚由美困扰的是，她真正喜欢着的，却是操的弟弟财津卫（入野自由 配音）。同时，亚由美还有着另一个追求者——有原有二（吉野裕行 配音）。身为哥哥的有二是一个重度妹控，可是显然亚由美不太能理解来自于哥哥的浓厚的爱意。　　同时，在亚由美的身边，还有着一群同样陷入感情漩涡的伙伴们。兄控别所小宵（丰崎爱生）、文艺少女千仓名央（藤村歩 配音）、运动健将土桥理香（寿美菜子 配音）、标准美人山本岬（田中理惠 配音）等，青春活泼的女孩们会怎样书写和喜欢着的男孩们的故事呢？

故事发生在一座名为堕天城的城市之中，它夹在天堂和地狱之间，是一座充满了危险和奇遇的城市。近日来，城市里出现了邪恶的恶灵，他们依靠袭击市民们为生，这令市民们人心惶惶人人自危。　　Panty（小笠原亚里沙 配音）和Stocking（伊濑茉莉也 配音）本是两位天使，却因为他们桀骜不驯的作风而被逐出了天堂，来到了堕天城。在这里，姐妹两人遇见了名为Garterbelt（石井康嗣 配音）的神父，在这位拥有着神秘过去的神父的带领下，Panty和Stocking成为了恶灵狩猎者，通过狩猎恶灵得到天堂金币，当天堂金币积攒到了一定的数量之时，Panty和Stocking便可以借此重新返回天堂。就这样，两人在堕天城的日常就此拉开了序幕。

神凪和麻（小野大辅 配音）出生于使用炎术的名门之家，然而却因为缺乏才能而被父亲神凪严马（小山力也 配音）赶出了家门。在一次偶然中，和麻意外遇见了强大的风之精灵王，并与其签订了契约，拥有了风之圣痕，并成为了最强的风术师。　　一晃眼，和麻离开日本已经四年了，当他回到这片称之为故乡的土地之时，他想要拥有的，不过只是平静的生活。某日，和麻遇见了名为神凪绫乃（藤村步 配音）的少女，她是神凪一族宗家的长女，亦是下一任宗主。尽管绫乃个性傲娇又迟钝，但和麻还是感受到了隐藏在她内心深处的善良，遂两人开始一起行动，而命运的齿轮亦就此开始转动。

日野秋晴（兴津和幸 配音）从小就失去了父母，无依无靠的他被叔父收养，悲惨的命运令秋晴的肩膀上背负了沉重的枷锁。白丽陵高中以其培育完美无瑕的大小姐的能力闻名世界，近日里，学校新设立了“从育科”，为的是培养能够配得上完美大小姐的管家和女仆，日野秋晴通过了考试，成为了校园里的新学员。　　因其怪异的造型和凶恶的眼神，秋晴在校园中被视为异类，让他没有想到的是，在这里，他竟然同儿时的玩伴彩京朋美（川澄绫子 配音）重逢了，而正是这位外表单纯无害但个性十分腹黑的少女，给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤，而这场意外的重逢是否意味着，秋晴的噩梦还要继续？

在清华女子学校里就读的皆是出身名门的千金大小姐，为了以后能够顺利进入社会，学校需要一位“庶民”来教会这些不食人间烟火的大小姐们这个社会的生存规则。平凡的高中男生神乐坂公人（田丸笃志 配音）被选中成为庶民样本，被迫入读了清华女校，成为了校园中唯一存在的雄性生物。　　个性傲娇内向却意外单纯的天空桥爱佳（芹泽优 配音）、成熟善良温柔稳重的金发美少女有栖川丽子（立花理香 配音）、超高智商和超级天然呆属性并存的汐留白亚（桑原由气 配音）、出生武术世家的神领可怜（森永千才 配音），当这些高贵的大小姐们接二连三的出现在公人的身边时，会发生怎样有趣的故事呢？

鮎沢美咲（藤村歩 配音）是一个个性十分好强的女生，童年悲惨的遭遇让她彻底对男性失去了信任感，和妈妈与妹妹一起的生活又使得美咲必须担负起男孩子的责任，长此以往，在他人眼中，美咲无疑拥有着十分不可爱的性格。在星华高中就读的美咲有幸成为了史上第一位女性学生会会长，在为此感到自豪的同时，来自于各个方面的压力接踵而至。　　为了补贴家用，美咲不得不在女仆咖啡馆里打工，自己穿女仆装的样子若被同学发现，岂不是要威严扫地？不巧的是，同校的碓冰拓海（冈本信彦 配音）就发现了美咲的秘密。可是，拓海并没有嘲笑美咲，正相反，美咲的好几次危急时刻，都亏得拓海的出手相助才得以过关。久而久之，美咲对拓海产生了好感，拓海也为美咲坚强的个性所吸引，一段校园佳话即将展开。

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。