本田透是一个天真、善良、迷糊的高中女生，从小与妈妈相依为命。但一场车祸夺去了妈妈的生命，让小透成了一个孤儿，她带着全部家当搬到山林里，过起了林间独居的帐篷生活。在命运的安排下，小透无意中走进了一个古老大宅，邂逅了奇怪的男子草摩紫吴。原来他是草摩由希的表哥，而由希又是学校里一致公认的王子，这间大宅正是由希的住所。当天晚上林间土石塌方，小透所住的帐篷被土石掩埋，幸好由希和紫吴将她及时救出，让她暂时住进他们的大宅里。　　草摩家族几百年的秘密被小透发现，由希、紫吴等人只要被异性拥抱，就会立刻变身为十二生肖中的对应生肖。另一个神秘的少年阿夹，不仅变身为猫而且还隐藏着这个家族中更大的秘密。草摩家族的当家人发令，必须消除知道真相的小透的记忆。而小透一句“就算我的记忆消除了，请你还是继续和我做朋友”感动了由希、阿夹等人，她更像一缕温暖的阳光，照亮了阴雾重重的草摩家族。

芹沼花依（小林优 配音）是一个胖胖的平凡二次元女孩，精通耽美文化，喜欢意淫身边的帅哥。因为身材的原因，花依在班级中总是容易被忽视的那一个，可只喜欢二次元角色的花依对此并不在意，对“恋爱”也没有任何幻想。在喜欢的动画角色死掉后，心碎的花依日渐消瘦，竟然在误打误撞之中抵达了颜值的巅峰，并因此被卷入了复杂的感情漩涡之中。　　运动万能的腹黑帅哥五十岚祐辅（小野友树 配音）、开朗率真喜欢孩子的七岛希（河本启佑 配音）、外冷内热沉默寡言的四之宫隼人（松冈祯丞 配音）、温柔呆萌恐惧密闭空间的六见游马（岛崎信长 配音），当这些英俊帅气的男孩子们渐渐被花依吸引之时，花依会做出怎样的选择呢？

人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！　　让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——

混沌初开，世界分成东西二星，隔空向往，在龙之御使的守护下发展出迥异的文明。正值战国乱世的东之星，尾张傻瓜织田信长（宫野真守 配音）和属下明智光秀（樱井孝宏 配音）、丰臣秀吉（梶裕贵 配音）目睹了武田家强大战铠的惊人威力，内心受到极大触动。与此同时，西之星的美丽少女贞德·辉夜（日笠阳子 配音）因为能够听到天启，而被人们看作是恶魔附体的人。某天她遇见天才发明家列奥纳多·达芬奇（杉田智和 配音），达芬奇偷偷开走竹取号，带着贞德和最新研发的战铠“奥世铠”来到东之星。信长意外启动了西之星人无法操控的奥士铠，他俨然成为了传说中的救星王。他为贞德取名兰丸，这个女子从此成为愚者信长生命中最重要的存在。　　战国乱世，东之星和西之星的乱战也即将拉开序幕……

民俗学者一之宫勘太郎（宫田幸季 配音）在写作之余还做起了收妖除魔的兼职，天生强大的灵感力为他的副业创造了得天独厚的条件。同勘太郎一同工作的是一只名叫妖子（川上伦子 配音）的狐妖，她因被勘太郎赋予了名字而必须服从勘太郎的所有命令。在一次意外中，勘太郎解开了“最强食鬼天狗”春华（樱井孝宏 配音）的封印，失去记忆的春华遂即成为了勘太郎得力的助手。　　杉野村发生了儿童神隐事件，唯一的幸存者也失去了记忆。勘太郎受委托调查此事，却发现这座村庄里的一切都似曾相识，并且，事件的真相似乎同春华的身世有着千丝万缕的联系。

国中毕业之后，热爱棒球的少年泽村荣纯（逢坂良太 配音）准备放弃理想，和朋友们一起在家乡的高中完成学业，然而，此时，泽村却收到了青岛高校棒球社副社长高岛礼（内山夕实 配音）的邀请，邀请他加入棒球队。要知道，青岛高校可是棒球远动员们心目中的圣地，无数前途无量的棒球选手们出自这所学校，泽村接受了这千载难逢的机遇。　　在球队里，泽村结识了一群志同道合的朋友们，心直口快大大咧咧的御幸一也（樱井孝宏 配音）、外表冷漠内心单纯的降谷晓（岛崎信长 配音）、身材矮小却实力强悍的小凑春市（花江夏树 配音）、看似腹黑却十分温柔的仓持洋一（浅沼晋太郎 配音），一行人为了完成称霸甲子园的梦想而不断挥洒着汗水，挑战着自我。

GJ部到底是干什么的？可能身为部长的天使真央（内田真礼 配音）自己都说不太清楚，真央唯一可以确定的是，欺负社员四之宫京夜（下野紘 配音），让其穿上女装是部活中非常重要的一个环节。　　个性温柔无害惟独对自己的体重耿耿于怀的天使惠（宫本侑芽 配音），外表成熟稳重但内心十分孩子气的皇紫音（三森玲子 配音），沉默寡言对肉类食物情有独钟的绮罗罗伯恩斯坦（荒川千佳 配音）和刚刚入部，对部里的一切都懵懂好奇的神无月环（上坂堇 配音），GJ部因为有了这些可爱的女孩子们而散发出了耀眼的光芒。今天的部活又会发生什么有趣的事情呢？让我们拭目以待吧！

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。　　在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...　　在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石 珍珠》（Pokémon Diamond Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。　　《神奇宝贝珍珠 钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。